引物及探针 | 序列(5′→3′) | 位置 | 片段大小 |
IE1 | CCACCCGTGGTGCCAGCTCC | 早期基因 | 159(bp) |
IE2 | CCCGCTCCTCCTGAGCACCC | | |
IE3(探针) | CTGGTGTCACCCCCAGAGTCCCCTGTACCCGCGACTATCC | | |
LA1 | CCGCAACCTGGTGCCCATGG | 晚期gp64 | 139 |
LA2 | CGTTTGGGTTGCGCAGCGGG | | |
LA3(探针) | TTCTTCTGGGACGCCAACGACATCTACCGCATCTTCGCCG | | |
IE1a | AGATCGCCTGGAGACGCCAT | 早期外显子1 | 139 |
IE1b | GGAATCCGCGTTCCAATGCA | | |
IE2a | ATGGAGTCCTCTGCCAAGAG | 早期外显子2 | 72 |
IE2b | CCGTGGCACCTTGGAGGAAG | | |
IE3a | GTGACCAAGGCCACGACGTT | 早期外显子3 | 167 |
IE3b | TCTGCCAGGACATCTTTCTC | | |
IE4a | ACAGATTAAGGTTCGAGTGC | 早期外显子4 | 179 |
IE4b | CAATACACTTCATCTCCTCG | | |
IE4c | TTACCAAGAACTCAGCCTTC | 早期外显子4 | 158 |
IE4d | GTGCGTGAGCACCTTGTCTC | | |
IE4e | TATACCCAGACGGAAGAGAAATTCA | 早期外显子4 | 426 |
IE4f | ATAAGCCATAATCTCATCAGGGGAG | | |
Pp1a | TAGCGCGCATACATCCCGAGTACAT | Pp71基因 | 316 |
Pp1b | ATGACGTTGCTCCGTGGAAAGAGACC | Pp71 | |
3.套式(nested)PCR扩增:①反应混合物的组成同(2),仅引物为IE2a和IE4b(包括了整个外显子3,共721b),各100pmol。于94℃60s,52℃150s,72℃ 480s,扩增20循环。② 取2μl 上述扩增产物,各加100pmol的引物IE3a和IE3b补加其他试剂。然后,于94℃60s,52℃150s,72℃180s,扩增20循环。
(五)产物鉴定
扩增产物的分析可采用固相(滤膜)杂交和液相杂交试验。
1. 固相杂交:
① 预杂交液为3×SSPE,5×Denhardt,0.5%SDS和25%甲酰胺.含有扩增产物的滤膜于42℃预杂交30~60min。②加入标记探针(10cpm/μg,2ng/ml),杂交30~60min。③ 用0.2×SSPE,.01%SDS分别于室温洗涤滤膜3次,5min/次;于60℃洗一次,10min/次;再于室温洗一次以上,5min/次。④自显影。
2. 液相杂交及电泳分析:
① 取1/10体积的扩增产物与0.5~1.0pmol末端记的探针混合。②加入最终浓度为150mmol/L NaCl,10mmol/L磷酸钠及1mmol/L EDTA溶液,使总体积为20μl 。③ 95℃ 10min,然后于56℃ 60min。④ 离心10s加入样品缓冲液,于8%聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳。⑤电泳毕,用溴化乙锭染色,然后对X线片曝光,自显影。
HCMV DNA分子很大,其碱基序列尚未全部搞清。虽然它的DNA的限制性内切酶片段长度具多形性,但是对其基因组的离散性还不清楚。用单一引物对进行PCR扩增,可鉴定90%的HCMV野型分离株;而采用针对不同HCMV序列的两套以上的引物对,则可检测几乎所有的病毒株。因此,可根据情况使用两对或两对以上的位于基因组不同区域的引物进行PCR检测。
在HCMV模板DNA制备过程中,有时会产生一些小片段DNA,在PCR反应时常导致一定水平的本底产物,从而影响对结果的判定。在这种情况下可采用套式PCR法,其基本原理就是靶DNA的扩增分为两步:首先利用一对引物,扩增包括靶DNA在内的长片段DNA;然后取少量的扩增产物,利用只针对靶DNA的引物再进行第二次扩增。通过控制每步中的扩增循环数,即可防止由小片段DNA引起的假阳性。这种方法也可避免产生假阴性结果。
PCR检测HCMV标本具有很高的敏感性。从HCMV感染的组织培养上清可检测到相当于几十个病毒的DNA分子或1~5PFU病毒的DNA序列。用非放射性寡核苷酸探针进行Southern杂交分析扩增产物,可从尿液标本中检测到1pgHCMv DNA序列的水平;利用该系统,在4×104个细胞中只有一个病毒基因组即可检测出,较斑点印迹杂交提高2×103倍。
PCR技术对HCMV感染的检测具有临床应用价值,因为体液中病毒DNA先于病毒感染的临床症状或血清学证据的出现,可作为HCMV感染的早期指标。由于HCMV可通过胎盘内感染、产道感染等途径传播,而且受感染的新生儿死亡率较高,因此利用PCR进行早期诊断及采取及时的治疗措施,对优生优育也有重要意义。利用这种方法,还可鉴定器官或组织移植手术中供体是否为HCMV与许多严重病症的关系。再者,PCR检测指标稳定,还可进行半定量分析,因此可作为评价各种抗病毒药物疗效的手段。