引物及探针 | 序列(5′3′) | 基 因区 | 片段(bp) |
SK38 | ATAACCACCTATCCCAGTAGGATAAAT | gag | 115(HIV1) |
SK39 | TTTGGTCCTTGTCTTATGTCCAGAATGC | | |
SK19(P) | ATCCTGGGATTAAATAAAATAGTAAGAATGTATAGCCCTAC | | |
SK145 | AGTGGGGGGACATCAAGCAGCCCATGCAAAT | gag | 141(HIV1) |
SK101 | GCTATGTCAGTTCCCCTTGGTTCTC | | 139(HIV2) |
SK102(P) | GAGACCATCAATGAGGAAGCTGCAGAATGGGAT | | |
SK145 | AGTGGGGGGACATCAAGCAGCCCATGCAAAT | gag | 142(HIV1) |
SK150 | TGCTATGTCACTTCCCCTTGGTTCTCTC | | 139(HIV2) |
SK102(P) | GAGACCATCAATGAGGAAGCTGCAGAATGGGAT | | |
O-1 | GGGCAAATGGTACATCAGGCCATATCAC | gag | 525(HIV1) |
O-2 | TTTTACCTCCTGTGAAGCTTGCTCGGTC | | |
I-2 | TTGGTCCTTGTCTTATGTCC | gag | 422(HIV1) |
I-1 | TTAATACGACTCACTATAGGGTAGAAGAGAAGGCTTTCAGC | | |
GK55 | CCTGCTATGTCACTTCCCCT | gag | 190(HIV1) |
GK56 | TTATCAGAAGGAGCCACCCC | | |
P-1 | TTCTGTCAATGGCCATTGTTTAACTTTTGGGCCAT | pol | 355(HIV1) |
P-2 | TAAAGGAAGCAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGCTGA | | |
SK29 | ACTAGGGAACCCACTGCT | Itr | 105(HIV1) |
SK30 | GGTCTGAGGGATCTCTA | | |
SK31(P) | ACCAGAGTCACACAACAGACGGGCACACACTACT | | |
P13 | TGGCGCCCGAACAGGGAC | LTR | 168 |
P14 | TACCCACGCTCTCGCAG | | |
SK89 | AGGAGCTGGTGGGGAACG | LTR | 165(HIV2) |
SK90 | GTGCTGGTGAGAGTCTAGCA | | |
SK91(P) | TTGAGCCCTGGGAGGTTCTCTCCAGCACTAGCAGGTAG | | |
SK68 | AGCAGCAGGAAGCACTATGG | env | 142(HIV1) |
SK69 | CCAGACTGTGAGTTGCAACAG | | |
SK70(P) | ACGGTACAGGCCAGACAATTATTGTCTGGTATAGT | | |
CO1 | ACAATTATTGTCTGGTATAG | env | 135(HIV1) |
CO2 | AGGTATCTTTCCACAGGCAG | | |
CO3(P) | TGAGTTGCAACAGATGCTGTTGCGCCTCAATAGCCCTCAG | | |
CO71 | TGTGGAGGGAATTCTTCTACTGTAA | env | 320(HIV1) |
CO72 | TATAGAATTCACTTCTCCAATTGTCCCTCAT | | |
CO75(P) | GAAATATTACAGGGCTGCTATTAACAAGAGATGGTGGTAA | | |
(二)PCR扩增步骤
1.扩增条件
当选择的引物影响其特异性和扩增效果时,首先应考虑扩增的条件是否适宜。这些条件包括退火温度,PCR循环数,反应物浓度等。扩增的条件通常是1~4mmol/LMgCl2,0.5~1.0mmol/ldNTP,每100μl反应体积2~4U Taq DNA聚合酶,2μgBSA,10pg靶DNA,扩增25~30循环,退火温度为37℃,引物浓度6μg/ml。在37~55℃之间变更退火温度可以找到提高产量和特异性的最佳温度.尽管每个实验室使用的扩增条件略有差异,但它们的原理都是相似的。
2.扩增的步骤
(1)取10μl (1.2μg)HIV-DNA样品。
(2)用10μl 1×PCR缓冲液(100mmol/LTris-HClpH8.8,500mmol/l KCl,2mmol/L MgCl[XB]2[/XB],16mmol/LDTT)。
(3)加入10μl ,各1mmol/LdNTP,6.6μg/ml引物。
(4)反应混合物于93℃变性处理7min。
(5)冷却至室温,加入4UTaqDNA聚合酶,反应最终体积为100μl。
(6)加入50μl矿物油,离心10s。
(7)置70℃保温5min。
(8)PCR扩增25个循环,95℃1min,55℃1min,70℃ 1min,最后于70℃延伸10min。
PCR检测出现假阴性的原因有:标本中的HIV-DNA量极少,未能有效地扩增或扩增产物达不到检测水平;DNA模板和PCR产物未能完全变性,使得引物不能或较少与DNA片段结合,从而降低了最终产物的产量。如果临床标本中的HIV基因发生变异,也会出现假阴性。PCR假阳性的原因主要有:标本的交叉污染;重复使用不干净的器具。此外还要合理设置对照,阴性对照用无HIV-DNA标本的反应混合液,阳性对照用已知的HIV-DNA。
[b]三、扩增产物的检测和分析[/b]
扩增产物的检测和分析可采用凝胶电泳,限制性内切酶图谱,DNA序列分析及分子杂交等技术。
(一)凝胶电泳分析
根据所采用的引物对之间DNA片段的长度,预计PCR产物的分子大小。通过与凝胶电泳后的DNA片段相比较,可初步判断PCR产物的特异性,然后将产物用限制性内切酶水解,进一步确定扩增产物的特异性。
(二)分子杂交分析
分子杂交既是检测PCR产物特异性的一种较好的方法,也是检测扩增产物的非限制性内切酶位点上碱基突变的有效方法。分子杂交法是根据标记探针与两条引物链之间特异DNA片段的互补性进行的。结果阳性说明PCR产物是特异性的。可利用多种等位基因特异性寡核苷酸探针与PCR产物进行分子杂交,检测PCR产物的碱基突变。现将检测HIV-DNA的PCR扩增产物常用的几种分子杂交技术分别介绍如下:
PCR扩增技术和分子杂交的敏感性。
PCR技术检测HIV具有敏感性高,特异性强的优点。该方法可检测血液及组织标本中微量的HIV及前病毒序列。如对HIV-1感染H9细胞的扩增产物进行液相杂交和EB染色的电泳凝胶来检测PCR技术的灵敏性。可检测到0.05感染细胞的RNA量(相当于5个感染H9细胞的HIV-1-RNA/5×106个未感染细胞)。
[b]四、PCR技术在HIV检测中的应用[/b]
PCR可用来追踪HIV的自然感染史。可在其它血清学和病毒学标志出现前检测病毒序列,这样可判定无症状而且血清阴性患者潜在的HIV的传播性;可用来监测长潜伏期(4~7年)病人,以及在抗病毒治疗期间病毒的水平;也可用于HIV-1血清阳性母亲的婴儿的HIV检测。在婴儿出生后最初的6~9个月期间,他们的血液中存在母体的抗体,因此用PCR可判定婴儿是否真正被HIV感染。
(一)血清抗体阳性病人HIV序列的检测
有人从AIDS或ARC病人的外周血单核细胞培养物,精液细胞和精液上清制备DNA。然后用PCR法和逆转录酶测定法分别检测HIV-1。PCR扩增产物与32P标记的探针退火之后用BstNI消化。再进行聚丙烯酰胺凝胶电泳和自显影。结果表明,在逆转录酶阴性的28个细胞系中有9个以及用逆转录酶法不能确定的9个细胞系中有2个为阳性。这说明过去许多细胞培养物认为是阴性者,实际上用更敏感的PCR测定时则为阳性。
从血清阳性的HIV感染者的外周血单核细胞中可检测出前病毒序列。通过共培养分离出病毒的血清阳性的同性恋男人血液制备的DNA,用PCR可100%检出病毒序列;用血清阴性共培养阴性同性恋者的标本,经PCR扩增检出病毒序列者为64%,血清阴性正常人标本PCR检测也为阴性,表明未出现假阳性结果。由于HIV-1基因组的广泛的异源性,为提高检测的阳性率可采用多种引物(如LTR,gag和env基因的引物)。利用PCR法从313份已证实为抗体阳性的标本中检测出310份HIV阳性(99%)。
(二)血清抗体阴性病人的HIV序列的检测
由于在感染HIV后到出现免疫反应之前有一段滞后期,这个血清学阴性的滞后期通常长达6周至6个月,而且无抗体产生期可能更长些.在此期间受感染者往往检测不到抗体,因此,血清阴性的人也可能已感染HIV.PCR法在高危人群中检测到HIV-1比由血清学转阳确诊的时间可以提高6个月.对少数初次共培养呈阴性的人,甚至可在血清转阳之前24~39个月就能确诊为HIV-1感染.对血清学试验结果不能确定者,也可通过PCR作进一步分析和确诊。
(三)新生儿HIV序列的检测
HIV感染的母亲其婴儿由于母体抗体的存在,用抗体检测法通常为阳性.但实际上只有20%~60%的婴儿受到HIV感染.因此,对这些婴儿进行HIV感染的早期诊断是十分重要的.现已证明30~50%的这些新生儿可在母亲的子宫里,在分娩和引产或通过产后哺乳时从其母体感染HIV.新生儿血清阳性者并不能说明是HIV感染.因为母体HIV抗体可持续大约15个月之久.在一般情况下,婴儿并不表现出HIV感染的任何症状.病毒细胞培养法对婴儿并不是一种可靠实用的方法;HIV特异IgM抗体的检测在母体抗体存在下也是不可能的;在过量血清抗体存在下检出血清中的HIV抗原也是十分困难的.另外,婴幼儿被HIV感染后病情发展较快.早期诊断,对及时采取治疗措施,延缓阻止病情发展极为重要.目前所使用的抗病毒药毒性大,因而不能用于HIV抗体阳性而未感染的婴幼儿.但当用PCR检测出HIV-DNA序列后,即可进行抗病毒治疗以及加强免疫机能和营养的治疗.在一项研究中,14名血清阳性母亲的新生儿用PCR检测其中6个为阳性;在出生后12~15个月内血清阴性的10个儿童中有5个为PCR阳性.从血清阳性母亲出生1个月的新生儿中,收集的外周血单核细胞经PCR检测,7个为阳性的婴儿,其中5个在检测后10个月得AIDS;而PCR阴性的9个婴儿,在16个月的追踪检查期间身体状况良好.这些研究表明,PCR技术对被HIV感染母亲的新生儿和血清阴性儿童进行早期的直接的HIV-1检测是十分重要的.
PCR技术检测HIV-DNA序列对AIDS和ARC的确诊起着重要作用.但也有人认为对已知HIV抗体、抗原或培养阳性的病人不必再做PCR。最合适的PCR检测对象是那些疑有HIV感染但又缺乏确切的血清学依据的人群,如上述的HIV阳性母亲所生的婴儿,阳性患者的性伴侣,静脉吸毒者和可疑的血清反应者。PCR技术还可用来检测血液制品及疫苗中有无HIV。
[b]五、艾滋病诊断标准:[/b]
1.艾滋病病毒抗体阳性,又具有下述任何一项者,可为实验确诊艾滋病病人。
(1)近期内(3-6个月)体重减轻10%以上,且持续发热达38℃一个月以上;
(2)近期内(3-6个月)体重减轻10%以上,且持续腹泻(每日达3-5次)一个月以上。
(3)卡氏肺囊虫肺炎(PCR)
(4)卡波济肉瘤KS。
(5)明显的霉菌或其他条件致病感染。
2.若抗体阳性者体重减轻、发热、腹泻症状接近上述第1项时,可为实验确诊艾滋病病人。
(1)CD4/CD8(辅助/抑制)淋巴细胞计数比值<1,CD4细胞计数下降;
(2)全身淋巴结肿大;
(3)明显的中枢神经系统占位性病变的症状和体征,出现痴呆,辩别能力丧失,或运动神经功能障碍。