六、PCR实验中常见问题对策

所有实验结果都有成功或失败,实验的失败可能是应该出结果而没有出,我们把它称作假阴性,不该出结果而出了结果我们把它称为假阳性。PCR实验中最常见的问题就是假阴性和假阳性问题。 (一)假阴性:出现假阴性结果最常见的原因是:Taq DNA聚合酶活力不够,或活性受到抑制;引物设计不合理;提取的模板质量或数量不过关以及PCR系统欠妥当;循环次数不够。所以在实验中出现假阴性失败时,首先在原来扩增的产物中再加入Taq DNA聚合酶、增加5-10次循环,一般都会获得成功。如果没有成功应检查PCR扩增仪的温度是否准确,采集标本是否有问题。为了防止假阴性的出现在选用Taq DNA聚合酶时,要注意用活力高质量好的酶。同时在提取PCR模板时,应特别注意防止污染抑制酶活性物质(如酚、氯仿)的存在。尽管Taq DNA聚合酶对模板纯度要求不高,但也不允许有破坏性有机试剂的污染。PCR扩增的先决条件及特异性是引物与靶DNA良好的互补,尤其是要绝对保证引物的3′端与靶基因的互补。对变异较大的扩增对象,宜采用巢式(Nested)PCR或double PCR。在进行PCR操作时应注意Mg2+的浓度要合理。PCR反应的各温度点的设置要合理。 (二)假阳性:PCR结果的假阳性是对被检测标本而言,而反应系统中所扩增的产物是真实的。因为PCR技术高度灵敏,极其微量的靶基因污染都会造成大量扩增,而造成结果判断上的失误,所以污染是PCR假阳性的主要根源。PCR的污染主要是标本间的交叉污染和扩增子的污染。出现假阳性结果的另一种可能是样品中存在有靶基因的同源序列。为了避免因污染而造成的假阳性,PCR操作时要隔离不同操作区、分装试剂、简化操作程序,使用一次性吸头。